El 13 de abril de 1989, el Ejecutivo Federal por conducto de diversas dependencias y entidades federales así como de la Comisión Nacional del Agua, suscribe con los Ejecutivos de los Estados de Guanajuato, Jalisco, México, Michoacán y Querétaro, un Acuerdo de Coordinación para el efecto de llevar a cabo un Programa de Ordenamiento de los Aprovechamientos Hidráulicos y el Saneamiento de la Cuenca Lerma Chapala, creando un Consejo Consultivo para vigilar su cumplimiento, el que se constituye mediante el acuerdo de fecha 1º de Septiembre de ese mismo año.
La Ley de Aguas Nacionales (LAN), publicada en el Diario Oficial de la Federación (DOF) el 1º de octubre de 1992, en su Artículo 13, concedió a la Comisión Nacional del Agua (CNA), la posibilidad de establecer Consejos de Cuenca como instancias de coordinación y concertación entre ésta, las dependencias y entidades de las instancias Federal, Estatal o Municipal y los representantes de los usuarios de la respectiva cuenca hidrológica, determinando como objeto de estos el formular y ejecutar programas y acciones para la mejor administración de las aguas, el desarrollo de la infraestructura hidráulica y la preservación de los recursos de la cuenca.
El 28 de enero de 1993, con el fundamento en la Ley de Aguas Nacionales, en su Cuarta Sesión Ordinaria el Consejo Consultivo se transforma en el primer Consejo de Cuenca de la República Mexicana , celebrando de esta manera su primera sesión de trabajo.
