La urbanización y el acelerado desarrollo de las actividades productivas en la zona, basadas en un intenso aprovechamiento del agua, genera anualmente alrededor de 400 hm3 de aguas residuales, con una carga contaminante del orden de 169,000 toneladas de DBO5 por año.
Aunado a los bajos escurrimientos disponibles, así como a la poca capacidad de tratamiento, han llevado al río Lerma y sus afluentes, al Lago de Chapala y a los principales acuíferos de la zona, a presentar problemas de contaminación.
El 9% de los cuerpos de agua presentan una calidad satisfactoria que posibilita su uso para prácticamente cualquier actividad; el 39% se encuentran poco contaminados, lo que restringe el uso directo del agua en ciertas actividades y el 52% se encuentra contaminado o altamente contaminado, haciendo difícil su uso directo en casi cualquier actividad.
En lo particular, el 9% de los cuerpos de agua que muestran una calidad aceptable, en el caso de que su uso fuese como fuente de abastecimiento, se requeriría una planta de potabilización con tratamiento convencional.
Respecto del saneamiento en la cuenca en zonas urbanas y rurales, se cuenta con 302 plantas de tratamiento de aguas residuales, mismas que tienen una capacidad instalada de 16,953.23 lts./seg.
Inventario de PTAR’s. Correspondiente a la población del 2015 (Documento en proceso de revisión por el grupo de trabajo de Saneamiento año 2014)
Es importante destacar que el porcentaje de tratamiento (32 %), corresponde al gasto de operación contra lo generado y no con la capacidad de tratamiento instalada, que es de 16,953.23 lts/seg, que de aprovecharse integralmente podría mejorar sustancialmente el porcentaje general de tratamiento y alcanzar hasta un 50%.
El Consejo de Cuenca está orientado sus esfuerzos prioritariamente a utilizar al máximo la infraestructura existente, lo que implica la puesta en marcha de PTAR’s que por diversas causas han dejado de operar y el aprovechamiento de la totalidad de la capacidad instalada, sin que esto demerite la construcción de nuevas plantas en poblaciones que aún carecen de esta cobertura.